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| - | projetos:apspcs [2007/08/18 15:14] joel |
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| + | projetos:apspcs [2009/01/02 11:19] (atual) joel |
| @@ Linha -1,60 +1,246 @@ | |
| ===== Participantes ===== | |
| - [[pessoais:kelly|Kelly Cristina Cancela]], | |
| - Antonio Rioyei Higa, Prof. Phd | |
| - [[pessoais:joel|Joel Maurício Corrêa da Rosa]] , Prof. Dr. (UFPR) | |
| - [[pessoais: | |
| - [[pessoais:valdeci|Valdeci Constantino]] ,Mestrando (UFPR) | |
| ===== Objetivo ===== | |
| O objetivo deste projeto é desenvolver e reunir metodologias estatísticas ligadas a problemas em Engenharia Florestal. | |
| Modelos Lineares Generalizados, Testes Paramétricos e Não-Paramétricos, Análise de Sobrevivência, Análise de Séries Temporais, Modelos de Crescimento, Análise de Dados Longitudinais, Regressão por Quantis | |
| {{projetos:apspcs:ed_estudo_1.doc|Estudo 1}} | |
| {{projetos:apspcs:ed_estudo_2.doc|Estudo 2}} | |
| {{projetos:apspcs:ed_estudo_3.doc|Estudo 3}} | |
| {{projetos:apspcs:ed_estudo_4.doc|Estudo 4}} | |
| {{projetos:apspcs:dissertacao250807.doc|Dissertação em 25-08-07}} | |
| {{:pessoais:lduque:dadoslucianaduqueinclinacao.csv|}}===== Experimento - Luciana Duque Silva ===== | |
| === Experimentos de Diferentes Espécie === | |
| * Espécie - Benthamii | |
| * Espécie - Dunii | |
| === Dados do Dendômetro == | |
| Comparação entre duas famílias/tratamento (há dez séries temporais para cada família) . O objetivo é comparar o crescimento das famílias, distribuídas em 2 blocos (dois ambientes no local). Foram selecionadas 5 famílias de cada planta por bloco. | |
| * Familia 24 -6/bloco2 4/bloco3 | |
| Variável dependente - Crescimento pelo dendômetro | |
| Variáveis independentes - Copa da árvore (não é medida frequentemente, mas pode ser medida de tempos em tempos),tensão de agua no solo a 30cm de profundidade e a 60cm de profundidade, temperatura, umidade do ar, precipitação(diária), insolação, velocidade do vento (talvez não interfira), dia de geada, estação do ano. | |
| delineamento original -32 famílias, 5 repetições | |
| {{projetos:apspcs: | |
| ===== | |
| Dados sobre crescimento de Pinus Taeda de acordo com diferentes tipos de tratamentos. | |
| {{:projetos:apspcs:croqui_experimento_v1.xls|Croqui do Experimento}} | |
| ===== Plano Amostral para Estudo das Raízes ===== | |
| Este é um problema em que a determinação do plano amostral e do tamanho de amostra estão restritos aos custos monetários e, principalmente, operacionais ligados à coleta de dados. As variáveis sob as quais desejamos retirar informações são características das raízes finas (fine roots) e grossas (coarse roots) de Pinus Taeda plantadas na área experimental da empresa COMFLORESTA. A principal questão operacional vinculada a retirada das amostras é explicada pela dificuldade de locomoção na área com o "trator", equipamento que arranca a árvore do solo e a coloca em suspensão para que seja analisada a arquitetura da raiz grossa. | |
| A importância no levantamento destas informações está no fato de que a absorção de nutrientes é feita pelas raízes finas e a sustentabilidade no crescimento está vinculada à raiz grossa. As características das raízes finas são expressas pelo peso e forma, enquanto a arquitetura da raiz grossa é mais dificil de ser definida ( ver Danjon e Reubens, 2008 ). | |
| O que chamamos de amostragem aqui, na verdade é uma sub-amostragem feita em cima de árvores localizadas numa área experimental. | |
| Planos amostrais sugeridos : | |
| * Seleção de todas as árvores do primeiro bloco para análise de raízes finas e grossas. | |
| * Seleção de duas árvores por parcela, em toda área do experimento, para análise de raízes finas e grossas. | |
| ==== Algumas Questões sobre o Experimento ==== | |
| * O padrão de mortes é aleatório no espaço ? | |
| * As mortes estão relacionadas aos fatores ? | |
| * Variáveis de raízes finas tem associação com variáveis de raízes grossas ? | |
| ==== Dissertação do Valdeci ==== | |
| Divisão da dissertação do Valdeci em capítulos. | |
| ==== Capítulo 1 ==== | |
| O objetivo é verificar a influência dos fatores no desenvolvimento geral da árvore, caracterizado pelo diâmetro e altura. | |
| * Variáveis resposta: Diâmetro, altura e volume, sendo volume uma função de diâmetro e altura. | |
| * Fatores de variação: Responsável pelo plantio (E - Empresa , T - Terceirizado), Sistema de produção de mudas (tubete/55cm3 com 6 meses, tubete/55cm3 com 10 meses, tubete/126cm3 com 6 meses, raiz nua). | |
| Os tratamentos foram aleatorizados em 4 blocos com o objetivo de controlar a variação espacial pois há um leve declive no terreno. No total foram criadas 32 parcelas para receber os 8 tratamentos resultante das possíveis combinações entre os fatores controlados no experimento( Resp.plantio e Sist.prod). | |
| Metodologia Estatística | |
| Será aplicado o modelo ANOVA para dois fatores em blocos inteiramente casualizados, adotando-se algum procedimento para controlar o número de mortos nas parcelas e seu efeito espacial nos resultados, caso este efeito exista. A hipótese existente para este efeito espacial é a de que parcelas com menor número de plantas oferecem mais espaço para o desenvolvimento da planta. | |
| Uma primeira abordagem para minimizar o efeito da mortalidade é considerar o número de mortos na vizinhança (no máximo podem haver 8 mortos na vizinhança) como uma covariável (sugestão PJ). Devemos ter cuidado para declaração do modelo no R. | |
| As análises de variância serão feitas para diâmetro, altura e volume de forma UNIVARIADA. Como volume é função de diâmetro e altura, devemos discutir se há necessidade realmente de repetir a análise para esta variável. | |
| Definir alguns contrastes de interesse (Por exemplo: média dos tubetes x raiz nua) | |
| {{:projetos:apspcs:resultadospreliminarescapitulo1.doc|Resultados Preliminares do Capítulo 1 }} | |
| ==== Capítulo 2 ==== | |
| Para o capítulo 2, serão analisadas as características das raízes finas. Para esta finalidade, foi selecionada uma árvore por parcela, totalizando 4 por tratamento. Foi selecionada a árvore no centro da parcela e, quando esta estava morta, selecionou-se a próxima na ordem de numeração crescente de acordo com o croqui do experimento. | |
| * Variáveis resposta: peso em gramas da raízes finas medidas em 4 posições. | |
| * Fatores de variação: Responsável pelo plantio (E - Empresa , T - Terceirizado), Sistema de produção de mudas (tubete/55cm3 com 6 meses, tubete/55cm3 com 10 meses, tubete/126cm3 com 6 meses, raiz nua). | |
| Algumas hipóteses levantadas neste caso. Fatores ambientais podem levar a diferença entre os pesos das raízes finas nas diferentes posições(p1,p2,p3 e p4). Pode haver diferença nos pesos das raízes finas em função do sistema de produção pois espera-se que a raiz nua>tubete/126>tubete/55 10 meses > tubete 55 6 meses. Por hipótese, a raiz nua tem a tendência em ter melhor desenvolvimento pelas suas características de desenvolvimento no viveiro. Devemos verificar a interação entre a posição e os tratamentos (Será que existe ?????) | |
| Matrizes de correlação para verificar se os pesos. | |
| Definir alguns contrastes de interesse (Por exemplo: média dos tubetes x raiz nua) | |
| Algumas dúvidas: (As observações nas posições são teoricamente correlacionadas espacialmente !!! Como superar isto ???) | |
| ==== Capítulo 3 ==== | |
| No capítulo 3 foram amostradas, de maneira destrutiva, todas as árvores do primeiro bloco e cada ávore foi fotografada de 3 ângulos diferentes. Em cada ângulo, serão avaliadas as características da raiz grossa de acordo com escores pré-determinados. 64 árvores no total. | |
| * A variável resposta é multivariada qualitativa ordinal. A princípio um vetor de dimensão 3 com os 3 escores para os ângulos fotografados. | |
| * Fatores de variação: Responsável pelo plantio (E - Empresa , T - Terceirizado), Sistema de produção de mudas (tubete/55cm3 com 6 meses, tubete/55cm3 com 10 meses, tubete/126cm3 com 6 meses, raiz nua). Covariável : Número de mortos na vizinhança, posição do morto na vizinhança , | |
| Verificar junto ao Cesar Taconeli a possibilidade de aplicar árvores de classificação multivariadas com o objetivo de identificar quais fatores levam aos escores atribuídos as raízes. Com esta metodologia, talvez consigamos encontrar a conjunção dos fatores que levem ao melhor arquitetura de raiz grossa. | |
| Uma possibilidade (mais pobre) é aplicar testes não paramétricos para a nota em cada ângulo fotografado. | |
| Neste capítulo, a primeira abordagem estatística consiste de utilizar uma técnica não paramétrica para encontrar alguma evidência de diferença entre os métodos e entre as empresas na constituição da raiz grossa. A justificativa para utilizar técnicas não-paramétricas é a característica da variável resposta que é qualitativa. | |
| <code> | |
| # Leitura dos dados | |
| avalia<-read.csv2('http://www.leg.ufpr.br/~joel/dados/grossaclassif.csv') | |
| # Resumo das variaveis | |
| summary(avalia) | |
| # Attachando os dados | |
| attach(avalia) | |
| # Nomes das variaveis | |
| names(avalia) | |
| # Carrega pacote para comparacoes multiplas nao parametricas | |
| require(pgirmess) | |
| # O gráfico de interacao é fundamental pois vai ser um instrumento para verificar | |
| # a sua possivel existencia | |
| interaction.plot(metodo,plantio,soma) | |
| interaction.plot(plantio,metodo,soma) | |
| # Alguns graficos exploratorios para entender melhor as interacoes | |
| boxplot(soma[plantio=="empresa"]~metodo[plantio=="empresa"]) | |
| boxplot(soma[plantio=="terceiro"]~metodo[plantio=="terceiro"]) | |
| boxplot(soma[metodo=="M1"]~plantio[metodo=="M1"]) | |
| boxplot(soma[metodo=="M2"]~plantio[metodo=="M2"]) | |
| boxplot(soma[metodo=="M3"]~plantio[metodo=="M3"]) | |
| boxplot(soma[metodo=="M4"]~plantio[metodo=="M4"]) | |
| # Testes para verificar diferenças nos plantios dentro dos métodos | |
| # Observação : como são dois niveis de plantio, o teste U de Mann-Whitney é um caso | |
| # particular do kruskall-wallis e , portanto, não precisa fazer comparação multipla aqui | |
| # Nomes dos metodos | |
| m<-levels(metodo) | |
| # loop que troca de metodos e testa diferencas entre os plantios | |
| for (i in 1:4) | |
| { | |
| s<-soma[metodo==m[i]] | |
| p<-plantio[metodo==m[i]] | |
| print(paste("metodo",m[i])) | |
| print(kruskal.test(s~p)) | |
| } | |
| # aqui vamos trocar de plantios e verificar as diferenças entre os métodos | |
| n<-levels(plantio) | |
| # loop que troca de plantios e testa as diferenças entre os métodos...aqui | |
| # já aproveito o embalo e faço as comparações multiplas com nível de significância | |
| # de 10% | |
| for (i in 1:2) | |
| { | |
| s<-soma[plantio==n[i]] | |
| p<-metodo[plantio==n[i]] | |
| print(paste("plantio",n[i])) | |
| print(kruskal.test(s~p)) | |
| print(kruskalmc(s,p,prob=0.1)) | |
| } | |
| </code> | |
| ==== To Do List ==== | |
| * Criar e preencher as planilhas para os Capítulos 1 e 2 (Valdeci) | |
| ===== Artigos de Interesse ===== | |
| {{projetos:apspcs:artigoglmmdeonbiele.pdf| Artigo sobre Modelos Lineares Generalizados Mistos}} | |
| {{projetos:apspcs:artigocomparacaomultiplanaoparametrica.pdf| Artigo sobre Comparação Múltipla Não-paramétrica}} | |
| {{projetos:apspcs:avaliacaocomparacaomultipla.pdf|Avaliação de Comparações Múltiplas}} | |
| {{projetos:apspcs:survivalgermination.pdf|Análise de Sobrevivência Aplicada à Germinação}} | |
| {{projetos:apspcs:woodyrootarch.pdf|Sobre a Arquitetura de Raízes de Árvores}} | |
| {{:projetos:apspcs:morphologicalfinerootspinus.pdf|Características Morfológicas de Raízes de Pinus Taeda}} | |
| {{:projetos:apspcs:soilrespirationfineroots.pdf|Produção de Raízes Finas sob Fertilização com Nitrogênio}} | |
| {{:projetos:apspcs:praticalregressionr.pdf|Regressão e Anova com o uso do R - Prática}} | |
| ===== Links de Interesse ===== | |
| {{:projetos:apspcs:plantrootsampling.pdf|Material ilustrativo sobre a amostragem de raízes de planta}} | |
| ===== Funções do R ===== | |
| [[http://rss.acs.unt.edu/Rdoc/library/pgirmess/html/kruskalmc.html|Post-Hoc após Kruskal Wallis]] | |
| ===== Referências Bibliográficas ===== | |
| @@ Linha -76,4 +262,15 @@ | |
| address = {}, | |
| year = {1998}, | |
| } | |
| </bibtex> | |
| <bibtex> | |
| @Book{montgomery:2001, | |
| author = {Montgomery, C.D.}, | |
| title = {Design and Analysis of Experiments}, | |
| publisher = {John Wiley & Sons}, | |
| address = {}, | |
| year = {2001}, | |
| } | |
| </bibtex> | |
